Makat fistülü tedavisinde ameliyatsız tekniklerde mevcuttur. Bu teknikler ile fistülün kapanma oranı % 40 civarında olduğundan, dünya genelinde makat fistülü tedavisinde ameliyat tercih edilmektedir. Fistül yolu (trakt); fibrin yapıştırıcı (fibrin glue) ve tıkaç (fistula plug) ile tıkanabilir. Ayrıca, 2017 yılından beri kök hücre tedavisi bu konuda henüz deneme aşamasındadır.