Makat apsesinin tedavisinde tek başına antibiyotik tedavisi yeterli değildir, çünkü antibiyotikler makat apsesi boşluğuna ulaşmazlar. Makat apsesi tedavisinde cerrahi boşaltma (drenaj) sonrasında, rutin olarak antibiyotik kullanılmaz. Makat derisinde ödem (sellülit) belirlenmesi, şeker hastalığı (diyabet) varlığı, Crohn hastalığı, kemoterapi alan, organ nakli yapılmış olan bağışıklık düzeyi düşük hastalar yatırılarak antibiyotik tedavisi uygulanır. Makat apsesi olgularının yaklaşık % 40-50’sinde makat fistülü gelişmektedir.